Куйтун (Хэйта, Хэйтан) – в переводе с бурятского «холодное место» и «обширные степные пространства, представляющие собой хорошие пастбища и пахотные земли»
В 1622 году енисейские казаки узнали о существовании бурят, занимавших почти всё Приангарье, и начали стремительно продвигаться вверх по Ангаре. При всех трудностях Сибирь была пройдена русскими вдоль и поперек за какие-то полвека. Отношения русских с бурятами складывались по-разному. С постепенным увеличением пахотных земель пастбища бурят сокращались, и они были вынуждены откочевывать на восток.
Куйтун стал заселяться в 1680 году. Среди его первых поселенцев были казаки Ивановы, Сизых, Староверовы, Усовы, Устюжанины. Куйтунский станец начинает развиваться как притрактовое село, через которое перевозилась государственная почта, различные грузы. С наступлением холодов, когда устанавливалась дорога, с Востока шли обозы с товаром. Везли шелк, рис, чай и обратно – по Шелашниковскому тракту – хлеб. Шелашниковский тракт – гужевой путь для транспортировки грузов на Север протяженностью 289 км – пролегал через Хаихту, Уян, Коновалово, Жигалово.
С конца XVIII в. получила статус Куйтунская волость. В поселке Куйтун возникают первые улицы – Трактовая (Красного Октября), Мангазейская (Коммунальная), Кузнецкая (Ленина), получившие свое название от расположенных там кузнец и Дома кузнеца, необходимость в которых появилась в связи с развитием гужевого транспорта. С августа 1734г. Куйтун стал почтовой станцией 5-го класса. В 1917г. по воспоминаниям старожилов поселок станции был небольшим, без электричества, с маленьким вокзалом, в котором ютился зал в ожидании и буфет. Через два года здание вокзала было сожжено чехами, а железнодорожники защищавшие его и их семьи были подвергнуты жестокой расправе, 7 февраля 1920г. на ст. Куйтун Иркутской губернии были подписаны условия временного соглашения между чехами и командованием 5-ой Армии, по которому чехи обещали придерживаться нейтралитета при переброске их на Дальний Восток.
В 1870г. в Куйтуне случился большой пожар, уничтожил большую часть построек и зданий. Многие жители, оставшиеся без крова вынуждены были переселиться на Кузьминку, ставшую впоследствии селом Или.
В 1872 году в Куйтуне открылась смешанное училище, через 6 лет церковно-приходская школа, а в 1899 году — женское училище. В 1890 году построен кирпичный завод.После гражданской войны завод стал действовать на полную мощность: возникли артели ложкарей, сапожная, кожевенная, пимокатная, портновская, гончарная.
Были построены и осуществляли богослужение Барлукская, Уянская, Куйтунская церкви. В конце XIX в. церкви активно действовали во всех крупных селах. К 1914г. Куйтун был волостным центром. В состав волостного центра входили 4 волости: Уянская, Барлукская, Кимильтейская, Куйтунская. В Куйтуне стали открываться школы. К 1917г. в Куйтунской волости действовали 30 начальных школ, в них работало 40 учителей.
26 сентября 1957 года Куйтун становится рабочим посёлком Куйтунского района.
В Куйтуне родился известный поэт, пародист, детский писатель и литератор Владимир Скиф (род. 1945).